Thứ nhất, về phương thức kiểm tra tình hình theo dõi thi hành pháp luật, nội dung này chưa được quy định cụ thể; chưa có phương pháp kiểm chứng, đánh giá thực tiễn và ứng dụng việc theo dõi tình hình thi hành pháp luật vào công tác quản lý nhà nước tại địa phương; chưa có hệ thống, tiêu chuẩn đo lường cụ thể, các công cụ phân tích hoạt động pháp luật trong đời sống xã hội để xác định tính khả thi, hiệu quả của từng quy định pháp luật theo mục đích đã đặt ra; chưa quy định cụ thể thẩm quyền và cơ chế xử lý của Đoàn kiểm tra đối với các hành vi vi phạm được phát hiện qua kiểm tra mà chỉ dừng lại ở mức kiến nghị nên chưa tạo điểm nhấn cho công tác theo dõi thi hành pháp luật... dẫn đến việc hiểu và áp dụng vào thực tế tại một số cơ quan, đơn vị, địa phương còn chưa được thống nhất...

Thứ hai, nội dung yêu cầu theo dõi THPL rộng và phức tạp nhưng chưa có tiêu chí để đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật cũng như tiêu chí cụ thể, rõ ràng để đánh giá hiệu quả công tác theo dõi THPL. Tại Thông tư số 14/2014/TT-BTP quy định chi tiết thi hành Nghị định số 59/2012/NĐ-CP đã đưa ra các tiêu chí để xem xét, đánh giá tình hình tuân thủ pháp luật, song để đánh giá cụ thể tỷ lệ bao nhiêu phần trăm (%) là đạt hay không đạt mức độ tuân thủ pháp luật đối với các cơ quan, các cấp chính quyền thì chưa quy định cụ thể; nội hàm của hoạt động theo dõi tình hình THPL và hoạt động tổ chức thực hiện pháp luật chưa được xác định rõ.

Thứ ba, công tác phối hợp trong việc thực hiện theo dõi tình hình THPL của một số cơ quan, đơn vị, tổ chức, cá nhân có liên quan trong một số nội dung chưa được thường xuyên, liên tục và thực sự hiệu quả. Do đó, hoạt động kiểm tra, thanh tra tình hình THPL tại một số cơ quan, đơn vị, địa phương còn chưa thường xuyên, toàn diện. Hiện nay, Nghị định số 59/2012/NĐ-CP chỉ quy định việc kiến nghị cơ quan, người có thẩm quyền xử lý kết quả theo dõi khi phát hiện có sai sót nhưng lại không quy định về chế tài xử lý cho việc này và không quy định thẩm quyền của Trưởng Đoàn kiểm tra trong việc xử lý thi hành pháp luật nên hiệu quả theo dõi thi hành pháp luật chưa cao. Trong việc thực hiện nhiệm vụ thống kê, báo cáo định kỳ theo quy định, số lượng biểu mẫu thống kê về công tác theo dõi tình hình THPL nhiều, nội dung thống kê còn chung chung, chưa có hướng dẫn cụ thể, chi tiết nên các cơ quan, đơn vị, địa phương còn lúng túng trong công tác này.

Ngoài ra, trong quá trình triển khai thực hiện Nghị định số 59/2012/NĐ-CP một số quy định còn chưa rõ ràng, cụ thể về cơ chế và cách thức triển khai như việc tổ chức điều tra, khảo sát xử lý thông tin về tình hình thi hành pháp luật; các điều kiện bảo đảm cho công tác theo dõi tình hình THPL.

 Để tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện Nghị định số 59/2012/NĐ-CP, trong báo cáo đề xuất, kiến nghị sửa đổi Nghị định số 59/2012/NĐ-CP, UBND tỉnh Quảng Bình đã đề nghị Bộ Tư pháp đề xuất Chính phủ sửa đổi Nghị định số 59/2012/NĐ-CP theo hướng nâng lên thành Luật, trong đó cần phân định rõ thẩm quyền theo dõi thi hành pháp luật của các cơ quan quản lý ngành, lĩnh vực và cơ quan có thẩm quyền theo dõi chung; xác định rõ phạm vi, mục đích của công tác theo dõi tình hình thi hành pháp luật; xây dựng khung theo dõi thi hành pháp luật và hệ thống thu thập dữ liệu…; quy định cụ thể thẩm quyền, trách nhiệm của cơ quan Nhà nước, Đoàn kiểm tra trong kiểm tra theo dõi THPL và xử lý kết quả theo dõi THPL; cơ chế phối hợp theo dõi THPL; cơ chế cộng tác viên trong hoạt động theo dõi THPL; cơ chế huy động sự tham gia của các tổ chức nghề nghiệp (Hội Luật gia, luật sư..) thực hiện độc lập, cung cấp thông tin về THPL; cơ chế điều tra, khảo sát, tiếp nhận và xử lý thông tin về tình hình THPL; điều kiện bảo đảm cho công tác theo dõi THPL; điều chỉnh thời điểm báo cáo và mốc báo cáo công tác theo dõi THPL theo mốc của báo cáo thống kê ngành Tư pháp để thuận tiện cho các cơ quan, đơn vị, địa phương trong việc tổng hợp và xây dựng báo cáo hàng năm.