Tuy nhiên, qua gần 05 năm thực thi, một số quy định của Luật Giáo dục đại học đã bộc lộ những hạn chế, bất cập Những hạn chế, bất cập đó tập trung chủ yếu vào 04 nhóm chính sách: (1) Tự chủ đại học; (2) Quản trị đại học; (3) Quản lý đào tạo; (4) Quản lý nhà nước về giáo dục đại học.
(1) Về tự chủ đại học
Vấn đề tự chủ trong Luật Giáo dục đại học là mấu chốt của việc đổi mới, nhưng các quy định của pháp luật về tự chủ đại học chưa hoàn thiện, chưa đồng bộ, chưa làm rõ nội hàm của vấn đề tự chủ, cho nên các quy định của Luật về tự chủ chưa thực sự phù hợp với tình hình thực tiễn. Cụ thể
- Với quy định “cơ sở giáo dục đại học tự chủ xác định chỉ tiêu tuyển sinh, chịu trách nhiệm công bố công khai chỉ tiêu tuyển sinh, chất lượng đào tạo…” (Điều 34 Luật Giáo dục đại học), thì các trường được tự xác định chỉ tiêu tuyển sinh nên tổng chỉ tiêu tuyển sinh của hệ đại học trong cả nước rất lớn. Trong khi đó, không kiểm soát chất lượng đầu ra nên sinh viên ra trường có bằng cấp mà không có việc làm, gây nhiều hệ luỵ trong xã hội.
- Luật Giáo dục đại học cũng chưa giao quyền tự chủ một cách đầy đủ, trọn vẹn cho các cơ sở GDĐH, cụ thể như: vấn đề biên chế, nhân sự, tài chính và tài sản, đào tạo, khoa học và công nghệ, hợp tác quốc tế, bảo đảm chất lượng giáo dục đại học theo quy định vẫn chỉ được tự chủ đối với các hoạt động chủ yếu của các lĩnh vực này mà không phải tất cả. Ví dụ, đối với trường đại học trực thuộc UBND tỉnh như Trường Đại học Quảng Bình thì thực tế vấn đề biên chế, nhân sự vẫn phải do cơ quan nhà nước có thẩm quyền (Sở Nội vụ, theo chức năng, nhiệm vụ được giao) thẩm định, phê duyệt.
- Chưa có cơ chế phù hợp để khuyến khích các đơn vị có điều kiện vươn lên tự chủ ở mức cao hơn. Chưa tạo đủ điều kiện để thực hiện quyền và trách nhiệm tự chủ. Đặc biệt là về tài chính phải theo quy định, nhưng mức thu phí, lệ phí, các khoản thu sự nghiệp được quy định không vượt mức trần, do đó nguồn thu từ học phí thấp. Mặt khác, sinh viên thuộc đối tượng chính sách xã hội chiếm tỷ lệ khá cao, cho nên kinh phí chi cho các khoản trợ cấp xã hội khá nhiều.
- Quyền tự chủ của Thủ trưởng đơn vị còn hạn chế, mặc dù đơn vị được tự xây dựng Quy chế chi tiêu nội bộ nhưng mức chi không được vượt các tiêu chuẩn, định mức chế độ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành.
(2) Về quản trị đại học
Quy định về Hội đồng trường trong các trường đại học công lập chưa hoàn thiện, Hội đồng trường ở trường đại học công lập về hình thức được trao quyền rất lớn nhưng thực tế hoạt động rất hình thức, chưa hiệu quả: hiện nay có trường mà Chủ tịch Hội đồng trường là một trưởng khoa thì vai trò của Hội đồng trường nhất định không được thể hiện, đặc biệt là duy trì cơ chế cơ quan chủ quản đã phần nào hạn chế quyền tự chủ của các trường đại học và từ đó đã dẫn đến vô hiệu hóa chức năng của Hội đồng trường; chưa có quy định cụ thể để điều chỉnh mối quan hệ công tác giữa Hội đồng trường - Đảng uỷ Trường và Chủ tịch Hội đồng trường - Hiệu trưởng - Bí thư Đảng uỷ Trường; Chưa quy định Hội đồng trường có quyền và trách nhiệm lựa chọn hiệu trưởng, cơ chế bầu, miễn nhiệm hiệu trưởng, đây là điều cần thiết để các trường thực hiện sự tự chủ trong việc lựa chọn người đứng đầu.
(3) Về quản lý đào tạo
Quy định về tổ chức và quản lý đào tạo trong Luật Giáo dục đại học còn chung chung, chưa thực sự rõ ràng. Luật Giáo dục đại học khi ban hành điều chỉnh cả trình độ cao đẳng nên nhiều quy định về tổ chức và quản lý đào tạo đến nay không còn phù hợp. Hiện nay, khi trình độ cao đẳng được tách ra và điều chỉnh bởi Luật giáo dục nghề nghiệp năm 2014 thì các cơ sở GDĐH đào tạo cả trình độ cao đẳng và đại học gặp phải những khó khăn nhất định chưa được giải quyết. Quy định về liên kết, liên thông trong đào tạo chưa đầy đủ: chưa đề cập đến liên kết đào tạo với các trường cao đẳng nghề và liên thông với đại học để đào tạo kỹ sư, thạc sĩ, tiến sĩ.
(4) Quản lý nhà nước về giáo dục đại học
Vấn đề quản lý nhà nước về giáo dục đại học là vấn đề cần được đặc biệt chú trọng nhằm kiểm soát việc thực hiện và tuân thủ các quy định pháp luật của các cơ sở GDĐH. Tuy vậy, Luật Giáo dục đại học hiện nay chưa quy định cụ thể cũng như chưa có sự tách bạch về trách nhiệm giữa các cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục đại học, mà chỉ quy định chung chung các cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục đại học như quy định tại Điều 69 Luật Giáo dục đại học là chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn đặt ra.
Luật Giáo dục đại học quy định Chính phủ thực hiện công nhận kết quả xếp hạng đại học là chưa phù hợp với yêu cầu của xã hội cũng như xu thế của thế giới. Bởi lẽ, mục đích của việc xếp hạng các cơ sở đại học là tạo thêm động lực cạnh tranh giữa các trường, cung cấp cho xã hội một kênh thông tin tham khảo, không nhất thiết phải là một công cụ quản lý về giáo dục của Nhà nước. Việc cơ quan nhà nước gánh lấy trách nhiệm xếp hạng các trường vừa làm hạn chế quyền tự chủ của cộng đồng đại học trong hoạt động này, vừa tăng áp lực cho cơ quan Nhà nước, trong khi thực tế của xu thế hiện nay cho thấy kết quả xếp hạng của những tổ chức xếp hạng có uy tín mới thật sự có giá trị. Thêm vào đó, sự phân tầng trên dưới có tính chất cố định bằng pháp luật, sự xếp hạng cao thấp có tính chất lâu dài bằng văn bản công nhận của Thủ tướng Chính phủ và những sự ưu đãi khác nhau, mức độ tự chủ khác nhau theo phân tầng và xếp hạng sẽ dẫn đến một cuộc cạnh tranh không bình đẳng giữa các trường. Các trường ở tầng dưới, thứ hạng thấp, ưu đãi kém sẽ gặp nhiều khó khăn trong việc thực hiện quyền tự chủ, còn những trường đã được cố định ở tầng cao, thứ hạng cao, ưu đãi cao cũng sẽ mất dần động cơ phấn đấu. Lâu dài làm cho nền giáo dục đại học kém linh hoạt, khó thay đổi.
Xuất phát từ thực tế đó, Luật Giáo dục đại học cần được sửa đổi, bổ sung nhằm khắc phục những hạn chế, bất cập trong thực tiễn thi hành Luật và cần thiết phải tập trung đổi mới các quy định trong Luật Giáo dục đại học tương ứng với 04 nhóm chính sách như đã đề cập:
Thứ nhất, về tự chủ đại học
Hoàn thiện quy định về vấn đề tự chủ đối với cơ sở giáo dục đại học. Tăng cường phân cấp và thực hiện trao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, thực chất hơn, đảm bảo đồng bộ cả về tổ chức thực hiện nhiệm vụ, nhân lực, tài chính trên cơ sở có tính đến đặc điểm từng loại hình đơn vị, khả năng và trình độ quản lý. Các quy định pháp lý về quyền tự chủ cho các cơ sở GDĐH cần được thống nhất, nhất quán và cùng được cập nhật ở các văn bản quản lý khác nhau, để các cơ sở GDĐH có được quyền tự chủ trọn vẹn và có cơ chế hỗ trợ thực hiện quyền tự chủ đó, tránh tình trạng tự chủ nhưng vẫn bị trói buộc bởi các cơ chế không cần thiết. Bộ Giáo dục và Đào tạo cần đẩy mạnh giám sát chỉ tiêu tuyển sinh của các trường dựa trên năng lực đào tạo, kết quả điều tra tình trạng có việc làm của sinh viên sau tốt nghiệp, cũng như dựa trên sứ mạng của trường (do Nhà nước giao). Riêng đối với các trường công lập trọng điểm, chỉ tiêu tuyển sinh ở trình độ đại học phải được giảm thiểu đáng kể để tập trung năng lực cho đào tạo sau đại học và cho các hoạt động nghiên cứu khoa học. Ngoài ra, các trường này cũng cần được quy định về chất lượng nguồn tuyển, như nhiều nước trên thế giới đã làm, để duy trì ổn định thương hiệu.
Thứ hai, về quản trị đại học
Có thể thấy rằng, mô hình Hội đồng trường hoạt động có hiệu quả ở các trường đại học trên thế giới. Tuy nhiên, khi áp dụng ở Việt Nam, trong điều kiện ở một nước mà hệ thống GDĐH chưa quen với thể chế Hội đồng trường thì còn rất nhiều hạn chế, bất cập cần được tiếp tục nghiên cứu sửa đổi, bổ sung để áp dụng cho phù hợp với thực tiễn tình hình của hệ thống GDĐH của nước ta và vấn đề đặt ra song song với việc hoàn thiện thể chế, đó là cần phải có những biện pháp cụ thể để đưa các quy định của pháp luật về Hội đồng trường đi vào đời sống GDĐH để Hội đồng trường phát huy được quyền lực thực sự, quyết định mọi chính sách của trường đại học, có quyền chọn lựa, bầu và miễn nhiệm hiệu trưởng và có cơ chế kiểm soát độc lập đối với mọi hoạt động của trường đại học chứ không phải chỉ dừng lại trên văn bản.
Thứ ba, về quản lý đào tạo
Hoàn thiện hơn các quy định về quản lý đào tạo, quy định đầy đủ và chặt chẽ hơn vấn đề liên kết và liên thông trong đào tạo, có các quy định cụ thể để nâng cao hơn nữa chất lượng trong GDĐH.
Thứ tư, về quản lý nhà nước về giáo dục đại học
Quản lý nhà nước về tự chủ đại học nên thực hiện ở các nội dung có tầm vĩ mô, có tính chiến lược, ở các khâu chỉ đạo, huy động, điều phối và giám sát còn các khâu quản lý và tổ chức thực hiện nên giao hoàn toàn cho các cơ sở GDĐH chủ động. Kết quả xếp hạng các cơ sở GDĐH nên độc lập với cơ quan nhà nước. Nhà nước nên đóng vai trò quản lý chung ở tầm vĩ mô. Chẳng hạn đưa ra bộ tiêu chí làm cơ sở để đánh giá các cơ sở GDĐH. Còn việc đánh giá, công nhận nên trao quyền “mở” cho các tổ chức ngoài Nhà nước có uy tín hoặc thông qua các phương thức khác nhau trao quyền cho xã hội đánh giá và công nhận. Như vậy, mục đích của hoạt động xếp hạng cơ sở GDĐH mới đạt được hiệu quả cao nhất.
Như vậy, việc nhận diện được những hạn chế, bất cập của Luật Giáo dục đại học, đồng thời khắc phục được những điều đó sẽ góp phần đạt được mục đích của việc sửa đổi, bổ sung Luật Giáo dục đại học lần này đó là “gỡ bỏ các nút thắt nhằm phát triển GDĐH, kiến tạo hành lang pháp lý vững chắc, thông thoáng, hấp dẫn để thực hiện tốt tự chủ đại học, nâng cao chất lượng GDĐH, đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao; khuyến khích thu hút các nguồn lực trong nước và quốc tế tham gia phát triển GDĐH” đã được xác định tại Hội thảo khoa học chuyên đề “Luận cứ khoa học sửa đổi, bổ sung Luật GDĐH” diễn ra vào ngày 18/7/2017 do Bộ GD&ĐT chủ trì.