Luật đã dành một chương VI quy định về bảo vệ người tố cáo (từ Điều 47 điến Điều 58). Theo quy định của Luật, bảo vệ người tố cáo là việc bảo vệ bí mật thông tin của người tố cáo; bảo vệ vị trí công tác, việc làm, tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm của người tố cáo, vợ, chồng, cha đẻ, mẹ đẻ, cha nuôi, mẹ nuôi, con đẻ, con nuôi của người tố cáo (gọi chung là người được bảo vệ). Thông tin cá nhân của người tố cáo được bảo vệ bí mật, trừ trường hợp người tố cáo tự tiết lộ. Khi có căn cứ về việc vị trí công tác, việc làm, tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm của người quy định tại khoản 1 Điều này đang bị xâm hại hoặc có nguy cơ bị xâm hại ngay tức khắc hay họ bị trù dập, phân biệt đối xử tại nơi công tác, nơi làm việc do việc tố cáo, người giải quyết tố cáo, cơ quan khác có thẩm quyền tự quyết định hoặc theo đề nghị của người tố cáo quyết định việc áp dụng biện pháp bảo vệ cần thiết.

Người được bảo vệ có quyền được biết về các biện pháp bảo vệ; được giải thích về quyền và nghĩa vụ khi được áp dụng biện pháp bảo vệ; đề nghị thay đổi, bổ sung, chấm dứt việc áp dụng biện pháp bảo vệ; từ chối áp dụng biện pháp bảo vệ; được bồi thường theo quy định của pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước trong trường hợp người tố cáo đã đề nghị người giải quyết tố cáo, cơ quan khác có thẩm quyền áp dụng biện pháp bảo vệ mà không áp dụng biện pháp bảo vệ hoặc áp dụng không kịp thời, không đúng quy định của pháp luật, gây thiệt hại về tính mạng, sức khỏe, tài sản, tinh thần cho người được bảo vệ.

Người được bảo vệ có nghĩa vụ chấp hành nghiêm chỉnh yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền áp dụng biện pháp bảo vệ; giữ bí mật thông tin về việc được bảo vệ; thông báo kịp thời đến cơ quan áp dụng biện pháp bảo vệ về những vấn đề phát sinh trong thời gian được bảo vệ.

Luật quy định rất rõ cơ quan có thẩm quyền áp dụng biện pháp bảo vệ và trách nhiệm của các cơ quan này. Đây là điểm mới so với Luật Tố cáo năm 2011. Theo quy định này thì cơ quan có thẩm quyền áp dụng biện pháp bảo vệ sau:

- Người giải quyết tố cáo có trách nhiệm bảo vệ bí mật thông tin, vị trí công tác, việc làm của người được bảo vệ thuộc quyền quản lý và những nội dung bảo vệ khác nếu thuộc thẩm quyền của mình; trường hợp không thuộc thẩm quyền thì yêu cầu hoặc đề nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền áp dụng các biện pháp bảo vệ. 

- Cơ quan tiếp nhận, xác minh nội dung tố cáo có trách nhiệm bảo vệ bí mật thông tin của người tố cáo. 

- Cơ quan Công an chủ trì, phối hợp với cơ quan, tổ chức có liên quan thực hiện việc bảo vệ tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm của người được bảo vệ. 

- Cơ quan quản lý nhà nước về cán bộ, công chức, viên chức, lao động, trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, chủ trì, phối hợp với cơ quan, tổ chức có liên quan thực hiện việc bảo vệ vị trí công tác, việc làm của người được bảo vệ. 

- Ủy ban nhân dân các cấp, Công đoàn các cấp, cơ quan, tổ chức khác, trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, có trách nhiệm phối hợp với cơ quan có thẩm quyền áp dụng biện pháp bảo vệ thực hiện việc bảo vệ bí mật thông tin, vị trí công tác, việc làm, tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm của người được bảo vệ. 

Từ Điều 50 đến Điều 55 của Luật quy định rất cụ thể về trình tự, thủ tục bảo vệ khi người tố cáo có văn bản đề nghị áp dụng biện pháp bảo vệ. Đây là điểm mới rất quan trọng, bởi vì quy định trách nhiệm của người giải quyết tố cáo và cơ quan có thẩm quyền áp dụng biện pháp bảo vệ người tố cáo. 

Về các biện pháp bảo vệ, khác với Luật, Luật quy định 03 biện pháp bảo vệ đó là: Biện pháp bảo vệ bí mật thông tin (Điều 56); Biện pháp bảo vệ vị trí công tác, việc làm (Điều 57); Biện pháp bảo vệ tính mạng, sức khoẻ, tài sản, danh dự, nhân phẩm (Điều 58). Trong đó, nội dung bảo vệ của từng biện pháp được quy định bổ sung thêm để đảm bảo người tố cáo được bảo vệ tốt nhất về quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của mình như: Lược bỏ họ tên, địa chỉ, bút tích, các thông tin cá nhân khác của người tố cáo ra khỏi đơn tố cáo và các tài liệu, chứng cứ kèm theo để quản lý theo chế độ mật khi giao cơ quan, tổ chức, cá nhân xác minh nội dung tố cáo; xem xét bố trí công tác khác cho người được bảo vệ nếu có sự đồng ý của họ để tránh bị trù dập, phân biệt đối xử; xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật đối với người có hành vi trả thù, trù dập, đe dọa làm ảnh hưởng đến quyền và lợi ích hợp pháp của người được bảo vệ; yêu cầu người có hành vi xâm hại hoặc đe dọa xâm hại đến tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm của người được bảo vệ chấm dứt hành vi vi phạm…