Theo đó, Nghị định số 107/2020/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Điều 5 cơ cấu tổ chức của Sở gồm: Phòng chuyên môn nghiệp vụ; Thanh tra (nếu có); Văn phòng (nếu có); Chi cục và tổ chức tương đương (nếu có); Đơn vị sự nghiệp công lập (nếu có).

Đồng thời, Nghị định số 107/2020/NĐ-CP quy định cụ thể tiêu chí thành lập phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc sở, gồm: (1)- Có chức năng, nhiệm vụ tham mưu về quản lý nhà nước đối với ngành, lĩnh vực thuộc chức năng, nhiệm vụ của sở; (2)- Khối lượng công việc yêu cầu phải bố trí tối thiểu 7 biên chế công chức đối với phòng thuộc sở của thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh; tối thiểu 6 biên chế công chức đối với phòng thuộc sở của cấp tỉnh loại I; tối thiểu 5 biên chế công chức đối với phòng thuộc sở của cấp tỉnh loại II và loại III.

Tiêu chí thành lập Văn phòng thuộc sở được áp dụng theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 1 của định Nghị định số 107/2020/NĐ-CP. Trường hợp không thành lập Văn phòng thuộc sở thì giao một phòng chuyên môn thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Văn phòng.

Tiêu chí thành lập chi cục và các tổ chức tương đương thuộc sở (chi cục) gồm: a- Có đối tượng quản lý về chuyên ngành, lĩnh vực thuộc chức năng, nhiệm vụ của sở theo quy định của pháp luật chuyên ngành; b- Được phân cấp, ủy quyền để quyết định các vấn đề thuộc phạm vi quản lý nhà nước về chuyên ngành, lĩnh vực; c- Khối lượng công việc yêu cầu phải bố trí tối thiểu 12 biên chế công chức.

Tiêu chí thành lập phòng và tương đương thuộc chi cục thuộc sở gồm: Có chức năng, nhiệm vụ tham mưu về quản lý nhà nước đối với ngành, lĩnh vực thuộc chức năng, nhiệm vụ của chi cục hoặc tham mưu về công tác quản trị nội bộ của chi cục; Khối lượng công việc yêu cầu phải bố trí tối thiểu 5 biên chế công chức.

Nghị định số 107/2020/NĐ-CP quy định bình quân mỗi sở có 03 Phó Giám đốc. Căn cứ số lượng sở được thành lập và tổng số lượng Phó Giám đốc, UBND cấp tỉnh quyết định cụ thể số lượng Phó Giám đốc của từng sở cho phù hợp. Riêng thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh, ngoài tổng số lượng Phó Giám đốc theo quy định tính bình quân chung thì mỗi thành phố được tăng thêm không quá 10 Phó Giám đốc.

Nghị định số 107/2020/NĐ-CP bổ sung quy định số lượng Phó Trưởng phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc sở. Cụ thể, phòng thuộc sở của thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh có dưới 10 biên chế công chức, phòng thuộc sở của cấp tỉnh loại I có dưới 9 biên chế công chức và phòng thuộc sở của cấp tỉnh loại II và loại III có dưới 8 biên chế công chức được bố trí 1 Phó Trường phòng. Phòng thuộc sở của thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh có từ 10 đến 14 biên chế công chức, phòng thuộc sở của cấp tỉnh loại I có từ 9 đến 14 biên chế công chức và phòng thuộc sở của cấp tỉnh loại II và loại III có từ 8 đến 14 biên chế công chức được bố trí không quá 2 Phó Trưởng phòng.
Phòng thuộc sở có từ 15 biên chế công chức trở lên được bố trí không quá 3 Phó Trưởng phòng.

Về số lượng Phó Chánh Thanh tra sở, Nghị định nêu rõ: Thanh tra sở có dưới 8 biên chế công chức được bố trí 1 Phó Chánh Thanh tra; thanh tra sở có từ 8 biên chế công chức trở lên được bố trí không quá 2 Phó Chánh Thanh tra.
Số lượng Phó Chánh Văn phòng sở được thực hiện như quy định số lượng Phó Trưởng phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc sở.

Về số lượng Phó Chi cục thuộc sở, Nghị định quy định: Chi cục có từ 1-3 phòng và tương đương được bố trí 1 Phó Chi cục trưởng; chi cục không có phòng hoặc có từ 4 phòng và tương đương trở lên được bố trí không quá 2 Phó Chi cục trưởng.

Về số lượng Phó Trưởng phòng thuộc chi cục thuộc sở, phòng có dưới 7 biên chế công chức được bố trí 1 Phó Trưởng phòng; phòng có từ 7 biên chế công chức trở lên được bố trí không quá 2 Phó Trưởng phòng.

Nghị định số 107/2020/NĐ-CP quy định các địa phương đã thực hiện thí điểm hợp nhất, sáp nhập các cơ quan chuyên môn theo Kết luận số 34-KL/TW ngày 07 tháng 8 năm 2018 của Bộ Chính trị về thực hiện một số mô hình thí điểm theo Nghị quyết số 18-NQ/TW ngày 25 tháng 10 năm 2017, tổng kết việc thực hiện thí điểm theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền.

Đồng thời, Nghị định số 107/2020/NĐ-CP quy định việc sắp xếp các tổ chức thuộc sở theo tiêu chí quy định tại Nghị định số 107/2020/NĐ-CP hoàn thành trước ngày 31 tháng 3 năm 2021. Trong quá trình thực hiện sắp xếp lại tổ chức, số lượng cấp phó của người đứng đầu các tổ chức, đơn vị do sáp nhập, hợp nhất có thể cao hơn quy định tại Nghị định này, nhưng khi có cấp phó nghỉ hưu hoặc điều chuyển công tác thì không được bổ sung và phải có giải pháp điều chỉnh, sắp xếp lại số cấp phó vượt quy định để bảo đảm trong thời hạn 3 năm kể từ ngày sáp nhập, hợp nhất số lượng cấp phó của người đứng đầu các tổ chức, đơn vị phải thực hiện theo đúng quy định.