Theo Nghị định, các doanh nghiệp được thành lập, đăng ký, hoạt động theo Luật Doanh nghiệp và có dự án đầu tư quy định tại khoản 3, 4, 5, Điều 3 Nghị định này ( gồm: (3) Dự án nông nghiệp đặc biệt ưu đãi đầu tư là dự án thuộc danh mục ngành, nghề quy định tại Phụ lục I thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định pháp luật về đầu tư; (4) Dự án nông nghiệp ưu đãi đầu tư là dự án thuộc danh mục ngành, nghề quy định tại Phụ lục I thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn theo quy định pháp luật về đầu tư; (5) Dự án nông nghiệp khuyến khích đầu tư là dự án thuộc danh mục ngành, nghề quy định tại Phụ lục I thực hiện tại vùng nông thôn, không thuộc địa bàn đã quy định tại khoản 3 và 4 Điều này) sẽ được hưởng một số chính sách ưu đãi và hỗ trợ đầu tư như: Miễn, giảm tiền sử dụng đất; miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước của Nhà nước; hỗ trợ tập trung đất đai; tiếp cận, hỗ trợ tín dụng; hỗ trợ doanh nghiệp nghiên cứu, chuyển giao, ứng dụng nông nghiệp công nghệ cao; hỗ trợ đào tạo nguồn nhân lực, phát triển thị trường; hỗ trợ đầu tư cơ sở (gồm: Bảo quản, chế biến nông sản; giết mổ gia súc, gia cầm; chế tạo thiết bị, linh kiện, máy nông nghiệp; sản xuất sản phẩm phụ trợ); hỗ trợ đầu tư cơ sở chăn nuôi bò sữa, bò thịt; hỗ trợ doanh nghiệp cung cấp dịch vụ công và đầu tư kết cấu hạ tầng nông nghiệp, nông thôn.

Việc ưu đãi và hỗ trợ đầu tư cho doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn được thực hiện trên các nguyên tắc: (1) Nhà nước ưu đãi đầu tư thông qua miễn, giảm thuế, phí, lệ phí và giảm một số thủ tục hành chính cho doanh nghiệp. (2) Nhà nước hỗ trợ đầu tư bằng hình thức hỗ trợ một phần kinh phí đầu tư hoặc cấp bù chênh lệch lãi suất cho doanh nghiệp. (3) Doanh nghiệp có dự án nông nghiệp đặc biệt ưu đãi đầu tư, dự án nông nghiệp ưu đãi đầu tư, dự án nông nghiệp khuyến khích đầu tư được hưởng các ưu đãi đầu tư, hỗ trợ đầu tư theo quy định của Nghị định này. (4) Ưu tiên hỗ trợ đầu tư cho doanh nghiệp nhỏ và vừa khởi nghiệp sáng tạo quy định tại khoản 2 Điều 3 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp vừa và nhỏ; doanh nghiệp xây dựng vùng nguyên liệu có hợp đồng liên kết với nông dân. (5) Trong cùng một thời gian, nếu dự án đầu tư được hưởng ưu đãi, hỗ trợ đầu tư có các mức ưu đãi, hỗ trợ khác nhau thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi, hỗ trợ đầu tư có lợi nhất. (6) Doanh nghiệp tự bỏ vốn, huy động vốn để thực hiện dự án đầu tư vào ngành, nghề ưu đãi đầu tư trong nông nghiệp, nông thôn. Nhà nước hỗ trợ sau đầu tư theo định mức hỗ trợ đối với từng loại hạng mục, công trình do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành; trình tự, thủ tục hỗ trợ theo quy định tại Nghị định này.

Nguồn kinh phí để thực hiện việc hỗ trợ bao gồm: Ngân sách trung ương dành khoản ngân sách tương đương tối thiểu 5% vốn đầu tư phát triển hàng năm cho ngành nông nghiệp; ngân sách các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương dành tối thiểu 5% vốn chi ngân sách địa phương hàng năm cho ngành nông nghiệp để thực hiện. Ngoài ra, các bộ ngành và địa phương được sử dụng nguồn vốn lồng ghép từ các Chương trình, dự án phát triển kinh tế xã hội và các quỹ hợp pháp để thực hiện hỗ trợ doanh nghiệp theo quy định tại Nghị định này.