Thứ nhất, hoàn thiện các nguyên tắc cơ bản của tố tụng hình sự:  BLTTHS năm 2003 quy định hệ thống các nguyên tắc cơ bản tại Chương 2 gồm 30 nguyên tắc, tuy nhiên nhiều quy định không mang tính nguyên tắc mà chỉ là trình tự, thủ tục tố tụng; thiếu một số nguyên tắc, nhất là những nguyên tắc có ý nghĩa đối với việc bảo đảm quyền con người, quyền công dân. Do đó, Bộ luật Tố tụng hình sự  năm 2015 đã điều chỉnh nội dung của 25 nguyên tắc hiện hành để khắc phục những hạn chế thời gian qua và phù hợp với yêu cầu của Hiến pháp năm 2013, bổ sung 05 nguyên tắc mới để bảo đảm tốt hơn quyền con người, quyền công dân theo Hiến pháp năm 2013 gồm: Công dân Việt Nam không thể bị trục xuất, giao nộp cho nhà nước khác (Điều 11); suy đoán vô tội (Điều 13); không ai bị kết án hai lần vì một tội phạm (Điều 14); tranh tụng trong xét xử được bảo đảm (Điều 26); bảo đảm sự kiểm tra, giám sát trong hệ thống từng cơ quan tố tụng và kiểm soát lẫn nhau giữa các cơ quan tiến hành tố tụng (Điều 33).

Thứ hai, phân định thẩm quyền hành chính với thẩm quyền tư pháp; tăng quyền, tăng trách nhiệm cho Điều tra viên, Kiểm sát viên, Thẩm phán: Nếu như BLTTHS năm 2003 quy định khi được phân công giải quyết vụ án, cấp phó của các cơ quan tiến hành tố tụng chỉ có thẩm quyền tố tụng, không có thẩm quyền về hành chính tư pháp (thẩm quyền này chỉ thuộc cấp trưởng hoặc một cấp phó được ủy quyền khi cấp trưởng vắng mặt) còn Điều tra viên, Kiểm sát viên là những người trực tiếp giải quyết vụ án nhưng chỉ được giao rất ít các thẩm quyền tố tụng thì BLTTHS năm 2015 đã phân định thẩm quyền hành chính với thẩm quyền tư pháp; tăng quyền, tăng trách nhiệm cho Điều tra viên, Kiểm sát viên, Thẩm phán, Bộ luật quy định rõ: (1) Trong lĩnh vực được phân công phụ trách, cấp phó không chỉ được giao thẩm quyền tiến hành tố tụng như hiện hành, mà còn được giao thẩm quyền quản lý hành chính tư pháp; (2) Phân định thẩm quyền giữa Thủ trưởng cơ quan tiến hành tố tụng với người trực tiếp tiến hành tố tụng theo hướng những thẩm quyền có tính chất quyết định việc “đóng, mở” một giai đoạn tố tụng, những thẩm quyền liên quan đến việc hạn chế quyền con người, quyền công dân giao cho Thủ trưởng Cơ quan điều tra, Viện trưởng Viện kiểm sát quyết định; hầu hết những thẩm quyền có tính chất phát hiện hoặc làm sáng tỏ sự thật vụ án giao cho Điều tra viên, Kiểm sát viên trực tiếp quyết định, tăng cơ bản thẩm quyền cho Thẩm phán chủ tọa phiên tòa.

Thứ ba, quy định cụ thể trình tự, thủ tục trong từng giai đoạn tố tụng nhằm tháo gỡ vướng mắc, bất cập của thực tiễn: Nhằm tháo gỡ vướng mắc trong thực tiễn điều tra, truy tố, xét xử, Bộ luật quy định: (1) Cụ thể hóa các trình tự, thủ tục trong từng giai đoạn nhằm khắc phục tình trạng chờ văn bản hướng dẫn; (2) Điều chỉnh hợp lý thẩm quyền giải quyết vụ án có yếu tố nước ngoài; (3) Quy định cụ thể căn cứ, thẩm quyền, trình tự, thủ tục nhập, tách, chuyển vụ án; (4) Giải quyết căn bản những vướng mắc liên quan đến giám định, theo đó: phân nhóm các vấn đề cần trưng cầu giám định; quy định thời hạn giám định cho từng nhóm; xác định giá trị của kết luận giám định; giải quyết khi có xung đột giữa các kết quả giám định.

Thứ tư, về chứng cứ:BLTTHS năm 2003 quy định nguồn chứng cứ gồm: Vật chứng; Lời khai của người làm chứng, người bị hại, nguyên đơn dân sự, bị đơn dân sự, người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan đến vụ án, người bị bắt, người bị tạm giữ, bị can, bị cáo; Kết luận giám định; Biên bản về hoạt động điều tra, xét xử và các tài liệu, đồ vật khác. Để cụ thể hóa quy định của Hiến pháp, tháo gỡ vướng mắc từ thực tiễn, phù hợp với sự phát triển của khoa học công nghệ hiện đại và yêu cầu hội nhập quốc tế, BLTTHS năm 2015 bổ sung vào hệ thống nguồn chứng cứ gồm: (1) Dữ liệu điện tử; (2) Kết luận định giá tài sản; (3) Kết quả thực hiện ủy thác tư pháp và hợp tác quốc tế khác trong đấu tranh chống tội phạm.

Để đáp ứng các yêu cầu của chứng cứ về tính khách quan, tính liên quan và tính hợp pháp, BLTTHS năm 2015 bổ sung quy định về loại trừ chứng cứ, theo đó: “Những gì có thật nhưng không được thu thập theo trình tự, thủ tục do Bộ luật này quy định thì không có giá trị pháp lý và không được dùng làm căn cứ để giải quyết vụ án hình sự”.

Thứ năm, về bảo đảm quyền bào chữa của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo: Cụ thể hóa quy định của Hiến pháp năm 2013, tạo điều kiện để người bị buộc tội thực hiện tốt quyền bào chữa, gỡ tội, Bộ luật đã: (1) Bổ sung người bị bắt được bảo đảm quyền bào chữa; (2) Thay quy định “cấp Giấy chứng nhận người bào chữa'' bằng quy định “đăng ký bào chữa”; (3) Mở rộng diện người bào chữa gồm cả Trợ giúp viên pháp lý; (4) Mở rộng các trường hợp bắt buộc cơ quan tố tụng phải chỉ định người bào chữa; (5) Quy định thời điểm người bào chữa tham gia tố tụng sớm hơn, kể từ khi Cơ quan điều tra nhận người bị bắt; (6) Quy định bị can có quyền đọc, ghi chép bản sao hoặc tài liệu được số hóa liên quan đến việc buộc tội, gỡ tội hoặc bản sao tài liệu khác liên quan đến việc bào chữa kể từ khi kết thúc điều tra; (7) Bổ sung một chương mới (Chương V) quy định các nội dung liên quan đến bào chữa nhằm bảo đảm cho người bào chữa nhanh chóng tiếp cận với quá trình giải quyết vụ án.

Thứ sáu, về bảo đảm nguyên tắc tranh tụng trong xét xử:Để cụ thể hóa quy định của Hiến pháp năm 2013 về bảo đảm nguyên tắc tranh tụng trong xét xử và quyền của người bị buộc tội phải được Tòa án xét xử công bằng, BLTTHS năm 2015 quy định: Ngoài cơ quan tố tụng có quyền thu thập chứng cứ như hiện nay còn bổ sung người bị buộc tội và người bào chữa có quyền thu thập, cung cấp chứng cứ (Điều 58, 59, 60, 61, 73); Quy định người bị buộc tội, người bào chữa có quyền trình bày ý kiến về chứng cứ, tài liệu, đồ vật liên quan và yêu cầu người có thẩm quyền tiến hành tố tụng kiểm tra, đánh giá; Bổ sung quy định về trách nhiệm của Tòa án trong việc giải quyết yêu cầu, đề nghị của Kiểm sát viên và những người tham gia tố tụng trước khi mở phiên tòa như: yêu cầu cung cấp, bổ sung chứng cứ; yêu cầu triệu tập người làm chứng và những người tham gia tố tụng khác đến phiên tòa (Điều 279); Bổ sung quy định khi phát hiện quá trình khởi tố, điều tra, truy tố không bảo đảm quyền bào chữa của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can thì Tòa án không mở phiên tòa, trả hồ sơ để Viện kiểm sát khắc phục vi phạm (Điều 280); Quy định chặt chẽ sự có mặt của bị cáo, người bào chữa tại phiên tòa (Điều 290, 291); Đổi mới trình tự và trách nhiệm xét hỏi theo hướng việc xét hỏi trước tiên phải thuộc về chủ tòa phiên tòa, sau đó chủ tọa quyết định ai hỏi trước, ai hỏi sau mà không tuân theo trình tự xét hỏi như Bộ luật hiện hành (Điều 307); bị cáo có quyền trực tiếp đặt câu hỏi với các bị cáo khác nếu được Chủ tọa đồng ý thay vì chỉ có quyền đề nghị Chủ tọa hỏi như hiện nay (Điều 309); Khẳng định rõ nguyên tắc bản án, quyết định của Tòa án chỉ được căn cứ trên cơ sở kết quả thẩm vấn, tranh tụng và những chứng cứ đã được xem xét tại phiên tòa (Điều 26).

Thứ bảy, về các biện pháp chống bức cung, nhục hình; tăng cường kiểm tra, giám sát, kiểm soát hoạt động tố tụng hình sự: Thể chế hóa các nghị quyết của Đảng và quy định của Hiến pháp năm 2013, bảo đảm tính minh bạch, tăng cường kiểm tra, giám sát, kiểm soát hoạt động tố tụng tư pháp, Bộ luật quy định: (1) Bắt buộc phải ghi âm hoặc ghi hình có âm thanh khi hỏi cung bị can tại cơ sở giam giữ hoặc tại trụ sở Cơ quan điều tra, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra (Khoản 6, Điều 183); (2) Quy định rõ trách nhiệm của các cơ quan tố tụng phải thông báo trước cho người bào chữa thời gian và địa điểm tiến hành các hoạt động tố tụng để họ tham dự (Điều 79); (3) Bổ sung các quy định để Viện kiểm sát thực hiện tốt chức năng kiểm sát hoạt động tư pháp; bắt buộc Kiểm sát viên phải hỏi cung khi bị can kêu oan hoặc khi phát hiện hoạt động điều tra có vi phạm pháp luật nghiêm trọng (Khoản 4, Điều 183); (4) Quy định trách nhiệm của cơ quan tố tụng cấp trên phải kiểm tra hoạt động tố tụng của cơ quan cấp dưới; (5) Bổ sung cơ chế kiểm soát lẫn nhau giữa các cơ quan tố tụng.

Thứ tám, về biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt: Nhằm cụ thể hóa quy định của Hiến pháp năm 2013 “Quyền con người, quyền công dân chỉ có thể bị hạn chế theo quy định của luật”, đáp ứng yêu cầu thực hiện các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên, Bộ luật bổ sung một chương mới quy định về các biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt, theo đó: (1) Quy định chặt chẽ những trường hợp được phép áp dụng, thời hạn áp dụng biện pháp điều tra đặc biệt; (2) Quy định việc áp dụng biện pháp điều tra đặc biệt phải do Thủ trưởng Cơ quan điều tra cấp tỉnh, cấp quân khu trở lên quyết định và phải được Viện trưởng Viện kiểm sát cùng cấp phê chuẩn trước khi thi hành; (3) Khẳng định những thông tin, tài liệu thu thập từ việc áp dụng biện pháp điều tra đặc biệt có thể dùng làm chứng cứ để giải quyết vụ án nhưng không được sử dụng vào mục đích khác.

Thứ chín, về thủ tục tố tụng truy cứu trách nhiệm hình sự đối với pháp nhân: Nhằm bảo đảm sự phù hợp và thống nhất với Bộ luật hình sự năm 2015, BLTTHS đã bổ sung chương mới quy định về thủ tục tố tụng truy cứu trách nhiệm hình sự đối với pháp nhân. Theo đó: (1) Quy định cụ thể về người đại diện của pháp nhân tham gia tố tụng, quyền và nghĩa vụ của người đại diện; (2) Quy định các biện pháp cưỡng chế áp dụng đối với pháp nhân bao gồm kê biên tài sản, phong tỏa tài khoản, tạm đình chỉ có thời hạn hoạt động liên quan đến hành vi phạm tội của pháp nhân, buộc nộp một khoản tiền để bảo đảm thi hành án; (3) Quy định rõ các thủ tục tố tụng áp dụng đối với pháp nhân bị truy cứu trách nhiệm hình sự.