Theo Luật Đất đai năm 2003, cơ quan nhà nước có thẩm quyền giải quyết việc tranh chấp đất đai gồm Tòa án nhân dân và Chủ tịch Ủy ban nhân dân, Bộ trưởng Bộ tài nguyên và môi trường. Việc xem xét cơ quan nào có thẩm quyền giải quyết tùy thuộc vào tình trạng pháp lý của nhà, đất. Tuy nhiên, mọi tranh chấp đất đai, bao gồm cả tranh chấp về tài sản gắn liền với đất và tranh chấp trong quá trình thực hiện các giao dịch liên quan đến đất đai đều phải qua thủ tục hòa giải và phải được UBND cấp xã giải quyết trước khi vụ việc được giải quyết tại Tòa án hoặc tại UBND. Nếu một bên hoặc các bên đương sự không nhất trí thì được giải quyết như sau:

- Tòa án nhân dân có thẩm quyền giải quyết những tranh chấp về quyền sử dụng đất mà đương sự có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc có một trong các loại giấy tờ quy định tại các khoản 1, 2 và 5 Điều 50 của Luật Đất đai năm 2003 và tranh chấp về tài sản gắn liền với đất.

- Ủy ban nhân dân có thẩm quyền giải quyết những tranh chấp về quyền sử dụng đất mà đương sự không có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc có một trong các loại giấy tờ quy định tại các khoản 1, 2 và 5 Điều 50 của Luật Đất đai năm 2003: Trường hợp Chủ tịch UBND huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh giải quyết lần đầu mà một bên hoặc các bên đương sự không đồng ý với quyết định giải quyết thì có quyền khiếu nại đến Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương giải quyết; quyết định của Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương là quyết định giải quyết cuối cùng; Trường hợp Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương giải quyết lần đầu mà một bên hoặc các bên đương sự không đồng ý với quyết định giải quyết thì có quyền khiếu nại đến Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường; quyết định của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường là quyết định giải quyết cuối cùng.

Như vậy, theo quy định của Luật Đất đai 2003, thẩm quyền giải quyết tranh chấp đất đai của Tòa án chỉ giới hạn trong phạm vi các tranh chấp mà đương sự có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc có một trong các loại giấy tờ quy định tại các khoản 1, 2 và 5 Điều 50 của Luật này. Đối với người dân, khi có tranh chấp về đất đai mà không có Giấy chứng nhận và hoặc các giấy tờ theo quy định thì cũng không có quyền lựa chọn cơ quan giải quyết nào khác ngoài UBND và Bộ Tài nguyên và môi trường. 

Thực tế cho thấy các tranh chấp về đất đai diễn biến rất phức tạp, có xu hướng ngày càng tăng, đặc biệt là với các tranh chấp mà đương sự không có Giấy chứng nhận và các giấy tờ theo quy định sẽ thuộc thẩm quyền giải quyết của UBND. Trong khi đó, UBND là cơ quan hành chính nhà nước nhưng lại phải đồng thời làm nhiệm vụ của cơ quan giải quyết tranh chấp. Điều đó có thể sẽ dẫn đến tình trạng thiếu khách quan, công bằng trong quá trình giải quyết, đặc biệt trong trường hợp tranh chấp có liên quan đến các quyết định hành chính của cơ quan hành chính; việc giải quyết tại UBND không được tiến hành theo một quy trình tố tụng và đánh giá chứng cứ một cách toàn diện như việc giải quyết tại Tòa án, dẫn đến kết quả giải quyết thiếu tính thuyết phục; nhiều trường hợp, UBND giải quyết nhưng các bên không đồng ý, sau đó lại khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án...Đây có thể coi là những nguyên nhân dẫn đến tình trạng khiếu kiện kéo dài về đất đai trong nhiều năm qua. Bên cạnh đó, việc hòa giải tại UBND cấp xã là một thủ tục bắt buộc phải thực hiện trước khi khởi kiện ra Tòa án cũng đang có nhiều ý kiến khi cho rằng tranh chấp đất đai là việc dân sự, vì vậy, nên tôn trọng quyền tự quyết trong việc lựa chọn phương pháp giải quyết tranh chấp, cần khuyến khích các bên hòa giải chứ không nên bắt buộc phải hòa giải.

TheoĐiều 203 Luật Đất đai năm 2013 thì tranh chấp đất đai đã được hòa giải tại UBND cấp xã mà không thành thì được giải quyết như sau:

-  Tòa án nhân dân có thẩm quyền giải quyết những tranh chấp về quyền sử dụng đất mà đương sự có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc có một trong các loại giấy tờ quy định tại Điều 100 của Luật Đất đai năm 2013 và tranh chấp về tài sản gắn liền với đất Các giấy tờ quy định tại Điều 100 gồm: Những giấy tờ về quyền được sử dụng đất trước ngày 15/10/1993 do cơ quan có thẩm quyền cấp trong quá trình thực hiện chính sách đất đai của Nhà nước Việt Nam dân chủ Cộng hòa, Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam và Nhà nước CHXHCN Việt Nam; Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tạm thời được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp hoặc có tên trong Sổ đăng ký ruộng đất, Sổ địa chính trước ngày 15/10/1993; giấy tờ hợp pháp về thừa kế, tặng cho quyền sử dụng đất hoặc tài sản gắn liền với đất; giấy tờ giao nhà tình nghĩa, nhà tình thương gắn liền với đất; giấy tờ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, mua bán nhà ở gắn liền với đất ở trước ngày 15/10/1993 được Ủy ban nhân dân cấp xã xác nhận là đã sử dụng trước ngày 15/10/1993; giấy tờ thanh lý, hóa giá nhà ở gắn liền với đất ở; giấy tờ mua nhà ở thuộc sở hữu nhà nước theo quy định của pháp luật; giấy tờ về quyền sử dụng đất do cơ quan có thẩm quyền thuộc chế độ cũ cấp cho người sử dụng đất; các loại giấy tờ khác được xác lập trước ngày 15/10/1993 theo quy định của Chính phủ.

- Tranh chấp đất đai mà đương sự không có Giấy chứng nhận hoặc không có một trong các loại giấy tờ quy định tại Điều 100 của Luật Đất đai 2013 thì đương sự chỉ được chọn một trong hai hình thức giải quyết tranh chấp đất đai là nộp đơn yêu cầu giải quyết tranh chấp tại UBND cấp có thẩm quyền hoặc khởi kiện tại Tòa án có thẩm quyền giải quyết theo quy định của pháp luật về tố tụng dân sự. Nếu đương sự khởi kiện tại Tòa án thì đương sự phải cam kết chỉ khởi kiện đến Tòa án mà không đề nghị UBND giải quyết tranh chấp để tránh trường hợp cùng một vụ việc cả hai cơ quan cùng tham gia giải quyết.

Như vậy, thẩm quyền giải quyết tranh chấp đất đai của Tòa án theo Luật Đất đai năm 2013 được mở rộng hơn nhiều so với Luật Đất đai năm 2003, Tòa án có thẩm quyền giải quyết những loại việc tranh chấp đất đai gồm:

(i) Tranh chấp đất đai mà đương sự có Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc có một trong các loại giấy tờ quy định tại Điều 100 Luật Đất đai

(ii) Tranh chấp về tài sản gắn liền với đất

(iii) Tranh chấp đất đai mà đương sự không có Giấy chứng nhận hoặc không có một trong các loại giấy tờ quy định tại Điều 100 Luật Đất đai năm 2013.

  - Tòa án có thẩm quyền giải quyết theo quy định của pháp luật về tố tụng hành chính  khi đương sự lựa chọn giải quyết tranh chấp tại UBND cấp có thẩm quyền nhưng không đồng ý với quyết định giải quyết thì việc giải quyết tranh chấp đất đai được thực hiện như sau: 

+ Trường hợp tranh chấp giữa hộ gia đình, cá nhân, cộng đồng dân cư với nhau thì Chủ tịch UBND cấp huyện giải quyết; nếu không đồng ý với quyết định giải quyết thì có quyền khiếu nại đến Chủ tịch UBND cấp tỉnh hoặc khởi kiện tại Tòa án theo quy định của pháp luật về tố tụng hành chính;

+ Trường hợp tranh chấp mà một bên tranh chấp là tổ chức, cơ sở tôn giáo, người Việt Nam định cư ở nước ngoài, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thì Chủ tịch UBND cấp tỉnh giải quyết; nếu không đồng ý với quyết định giải quyết thì có quyền khiếu nại đến Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường hoặc khởi kiện tại Tòa án nhân dân theo quy định của pháp luật về tố tụng hành chính.

-  Người sử dụng đất, người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan đến sử dụng đất có quyền khiếu nại, khởi kiện quyết định hành chính hoặc hành vi hành chính về quản lý đất đai (Điều 204 Luật Đất đai năm 2013).

Trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại quyết định hành chính, hành vi hành chính về đất đai thực hiện theo quy định của pháp luật về khiếu nại. Trình tự, thủ tục giải quyết khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính về đất đai thực hiện theo quy định của pháp luật về tố tụng hành chính.

Việc mở rộng thẩm quyền giải quyết của Tòa án trong trường hợp tranh chấp mà đương sự không có Giấy chứng nhận hoặc không có một trong các loại giấy tờ quy định tại Điều 100 của Luật Đất đai 2013 sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho người dân trong lựa chọn giải quyết tranh chấp, đồng thời giảm áp lực cho cơ quan hành chính nhà nước và góp phần hạn chế tình trạng khiếu nại, tố cáo kéo dài trong lĩnh vực quản lý đất đai.